Fondé par le roi du peuple Sequane avant la conquête romaine ou par un contemporain de Jules César, dénommé "Lucidorius" qui aurait donné à la ville son premier nom Lucida, les origines de Noyers ne sont pas très claires.

Une chose est sûre, à partir du XIIème siècle la cité devient le siège d’une puissante famille qui donna à la France des hommes illustres. Gui de Noyers, Évêque de Sens, couronna Philippe Auguste en 1180. Miles X fait Maréchal de France par Philippe le Bel en 1303, commanda pour sa dernière mission au nom du roi de France, Philippe IV de Valois, la fine fleur de la chevalerie française qui se fit tailler en pièce à Crécy, par les fantassins anglais.

A la fin du XIIème siècle, Hugues de Noyers, Évêque d’Auxerre, fit construire "un des plus fier castel de France" lequel fut assiégé et résista aux assauts des troupes de Blanche de Castille en 1217. En 1419, après l’extinction de la dynastie des Miles, la seigneurie de Noyers passe aux mains des Ducs de Bourgogne. Le prince de Condé, devenu comte de Noyers, fait de son fief un pôle de résistance huguenote et s'y réfugie en 1568 après l’échec de la conjuration d’Amboise. Catherine de Médicis le déloge, faisant capituler la garnison. Devenue un temps repaire du Baron de Vitteaux, plus brigand que seigneur, le château fut démantelé par Henri IV en 1599 après la capture de son propriétaire. Après une longue période de léthargie, la ville renaît sous l’impulsion du duc de Luynes qui épouse la dernière descendante des Condé en 1710.

Noyers sur Serein XIIème siècle

Place du marché au blé, place et rue de la petite étape aux vins sont des noms qui témoignent de la vocation agricole de la cité depuis longtemps. Le commerce du vin et du grain était florissant, de nombreux documents attestent de l’importance des vignes, des noyers, des cerisiers sur les collines qui l’entourent.

D'ailleurs, jusqu’à l’aube du XXème siècle, cercliers, charrons, bourreliers, tonneliers, maréchaux-ferrants, cordonniers ont représenté une bonne partie de l’artisanat local. On comptait, au recensement de 1861, 128 vignerons et 25 laboureurs.

Aujourd'hui encore, même si leur nombre a considérablement diminué, les agriculteurs ont encore toute leur place, et Noyers quoique tourné vers l’avenir, a toujours un pied ancré dans la ruralité qui en fait une de ses spécificités